Các trường đại học tổng hợp với chức năng nghiên cứu khoa học và truyền tải kiến thức tạo chỗ dựa vững chắc cho hệ thống các cơ sở nghiên cứu ở Schleswig-Holstein, hệ thống này còn được bổ sung bởi các viện nghiên cứu ngoài trường đại học. Các nghiên cứu ở Schleswig-Holstein ở cấp độ được quốc tế thừa nhận được tiến hành ở các lĩnh vực nghiên cứu biển, y sinh và kỹ thuật y tế cũng như khoa học tự nhiên và khoa học kỹ thuật. Các viện nghiên cứu ngoài trường đại học kết nối quá trình từ nghiên cứu cơ bản tới nghiên cứu ứng dụng cho tới chuyển giao khoa học và công nghệ. Đa số các viện nghiên trực thuộc các cơ quan nghiên cứu quốc gia như Hội Max-Plank-Gesellschaft, Liên hiệp Leibnitz-Gemeinschaft và Hội Fraunhofer-Gesellschaft. Ba trong số các viện nghiên cứu ngoài trường đại học ở Schleswig-Holstein là thành phần của tổ chức khoa học lớn nhất nước Đức là Liên hiệp Helmholtz của các trung tâm nghiên cứu Đức, đó là Cơ sở Sinh học Helgoland (Viện Nghiên cứu Cực và Biển Alfred Wegener), Trung tâm Helmholtz Geesthacht- trung tâm nghiên cứu vật liệu và bờ biển, Trung tâm Helmholtz nghiên cứu đại dương ở Kiel.